調試好的奧林巴斯顯微鏡CKX31只不過說明基本條件可以提供使用。但是在每次使用前，根據使用不同倍率、不同光路、不同照像系統都需要作一些調整。使用前首先接通電源。察看主機底盤下面的電壓標識盤上顯示的數字，是否符合額定輸入電壓.如果儀器內符合額定電壓，就可接通電源開關。指示燈點亮之后先給低檔電壓頂熱燈絲。這樣作可以延長燈管壽命。逐步加大電壓到6V或8V,把光路轉換標識盤旋到BI位置上。放置好標本。lox物鏡旋入光路。把聚光鏡轉臺置于明視野位置"CT”上。再調孔徑光欄。如果觀察反差小的標本時，孔徑光欄小些。能夠顯現出標本的反差為適宜.調整雙筒目鏡的瞳距.有些人兩眼瞳距小約52mm，有些人瞳距大些，約58mm。將雙目鏡筒的寬度調到根據個人瞳距寬度，肴到進人雙眼的視野變成一個視野為準再調視度，先用無視度調節補償環的目鏡調焦.當標本看得清晰時，再旋轉另一目鏡的視度調節補償環，使標本同樣清晰。在進行顯微照相時，把光路轉換到向相機，可以看到十字線和圖框。轉動調焦螺旋使十字線變成雙條十字線，如圖所示。十字線的平面與照相底片的平面完全相同。
　　
　　較簡易的倒置奧林巴斯顯微鏡CKX41的照像系統安裝在傾斜式雙目鏡筒的直立式單鏡筒上.這種單鏡筒上選擇適宜倍數的照像目鏡(photo長視距)。再從上面插人照像系統.當使用這種照像系統時，必須知道兩具光路轉換把柄.其一位于鏡簡頭中。拉出把柄時，全部成像光束向照像系統投射過去。推入把柄則全部成像光束投射向目鏡。第二個光路轉換把柄位于對焦接目鏡根部。這種圓筒型把柄在推入位上.只顯白色環形溝痕。在這位置上全部成像光束只投射到對焦接目鏡中.向外拉出此把柄到第二個扣位時，顯藍色環形溝痕。在這扣位上光路轉換裝置將80%的光束投向照像暗箱，而將20%的光束投向對焦接目鏡。再向外拉到第三扣位時，出現黃色環形溝痕。在這扣位上全部光束投向旁側的另一窗口。各國廠家的大型奧林巴斯顯微鏡的光路轉換裝置，每個扣位的顏色不一定相同。但只要了解了一種靠自己試探，均可學會操作。
　　
　　操縱調焦螺旋調準標本上的焦距之后，應該再次調整視野光欄，使之光欄邊緣外切視野。調整光源中心，旋入濾光鏡。一般明視野觀察時，使用淺藍色濾光鏡或淺灰色濾光鏡。
　　　　
　　如果視野中光強分布不勻，出現亮斑時，可用散光濾光片奧林巴斯CX21的45WF。使用日光型彩色底片拍攝時，為了提高光源色溫到5400K，可加橙色濾光片。使用燈光型彩色底片照像時，為了降低光源色溫到3200K，可加綠色或淺藍色濾光片。在觀察對于熱輻射敏感的生活細胞時，要加用吸收760nm以上波長的紅外光的吸熱濾光片。這種濾光片外觀上呈透明或微帶黃色在進行拍攝時，可把相機安裝在OM光路上即主機的前方，或者安裝在直立式鏡筒上，如OlympusCK型那樣。但是要拍攝浮游細胞尤其拍攝顯微電影時，相機直接連接主機不太好.因為相機快門活動而產生展頗波，在拍攝瞬間波及到浮游液上，嚴重影響拍攝效果。為了回避這種展波，可把相機安裝在類似IMT-2的MTU光路上，并加接不能傳送展波的適配器。還可加接多光路鏡簡。