在細菌的形態學檢查中以光學顯微鏡為常用，借助顯微鏡顯微放大后可以觀察到細菌的一般形態和結構。檢查細菌常用的顯微鏡有以下4種：

1.生物顯微鏡：普通生物顯微鏡通常以自然光或燈光為光源，其波長約0.5μm。在*佳條件下，顯微鏡的*大分辨率為波長的一半，即0.25μm，而肉眼所能看到的*小形象為0.2mm，故在普通光學顯微鏡下用油鏡放大1000倍，可將0.25μm的微粒放大到0.25mm，肉眼便可以看清，一般細菌大0.25μm，故用普通生物顯微鏡均能清楚看到。

2.暗視野顯微鏡：暗視野顯微鏡是用特制的暗視野集光器代替普通光學顯微鏡上的明視野集光器，由于暗視野集光器的中央為不透光的遮光板，光線不能直接射入鏡筒，故背景視野黑暗無光，而從集光器四周邊緣斜射到標本部位的光線，經菌體散射后而進入物鏡。故在強光的照射下，可以在黑暗的背景中看到發亮的菌體，猶如夜空中的明亮星星。明暗反差提高了觀察的效果，多用于檢查不染色的活細菌和螺旋體的形態及運動觀察。

3.相差顯微鏡：在進行未染色標本檢查時，由于細菌的折旋光性與周圍環境的折旋光性相近，明暗對比不明顯。在普通光學顯微鏡下不易看清，用暗視野顯微鏡只能看到發亮的菌體輪廓，看不清內部結構。而相差顯微鏡依據光波穿過標本中密度不同的部位時，引起光相差異的原理，利用相差板的光柵作用，改變直射光的光相和振幅，將光相的差異轉換成光的強度的差異，使細菌中的某部分結構比其他部分深暗，襯托出鮮明的對比。本法主要用于檢查不染色活細菌的形態及某些內部結構。

4.熒光顯微鏡：熒光顯微鏡以紫外光或藍紫光為光源，能激發熒光物質發光使之成為可見光。細菌經熒光色素染色后，置于熒光顯微鏡下，即可激發熒光，因此在暗色的背景下可以看到發射熒光的細菌。由于紫外光與藍紫光的波長較短（0.3～0.4μm），故分辨率得到進一步提高。熒光顯微鏡還廣泛應用于免疫熒光技術中。