熒光顯微鏡與普通光學顯微鏡不同，它不是通過普通光源的照明觀察標本，而是利用一定波長的光(通常是紫外光、藍紫光)激發顯微鏡下標本內的熒光物質，使之發射熒光，所以，熒光顯微鏡的光源所起的作用不是直接照明，而是作為一種激發標本的內熒光物質的能源。我們之所以能觀察標本，不是由于光源的照明，而是標本內熒光物質吸收激發的光能后所呈現的熒光現象。由此可知，熒光顯微鏡的特點，主要是它的光源能供給大量特定波長范圍的激發光，使受檢標本內的熒光物質能獲得必要強度的激發光。同時，熒光顯微鏡必須具備相應的濾光鏡系統。熒光顯微鏡是免疫熒光組織化學的基本工具。它是由超高壓光源、濾片系統(包括激發和壓制濾板)、光學系統和攝影系統等主要部件組成，是利用一定波長的光激發標本發射熒光。

1.激發熒光的方式：按光的波長范圍分為UV激發法(使用紫外線照明法)和BV激發法(使用藍紫光)兩種。UV激發法是用短于400nm的近紫外光進行激發。該法不存在可見的激發光，所以被觀察的熒光呈現該染料固有的熒光，容易判別標本上的特異熒光和背景組織的自身熒光。

2.BV激發法：是以404nm、434nm為中心的由紫外至藍光進行激發。該方法使用藍光照射標本，所以熒光觀察系統的截止濾光片必須使用可完全阻斷藍光并可充分通過所需綠、黃熒光的濾光片。用于熒光抗體法的熒光色素。對于激發光的極大吸收波長和熒光的極大發光波長比較接近，所以BV激發法使用的濾光片必須使用銳截止式濾光片。該法可用藍光作為激發光，所以熒光色素的吸收效率較高，可得到較明亮的圖像。其缺點是500nm以下的熒光無法看到，而500nm以上的使整個圖像顯黃色。在熒光抗體法中，大多以熒光色素特有的顏色來判斷其特異性，所以在討論微妙的特異性時，上述BV激發法的缺點往往影響極大。