吸光度（光密度）-光的通過化學或生物物質所吸收的量測得的分光光度計或類似的裝置。吸光度的單位是等同于倒數透射率（透射光強度與入射光強度之比）的對數。吸收帶通常涵蓋范圍廣泛（許多幾十或幾百），波長和通常繪制成強，傳輸或光密度與波長。

聲光可調諧濾波器（AOTF）- 其利用聲波一種過濾裝置，用于調制波長或光由激光或非相干照射源（主要是電弧放電燈）發出的光的強度。該濾波器由一個專門的晶體，諸如碲氧化物或石英，聲學換能器和吸收器之間夾以誘導站在聲波具有高和低折射率的交替域。如任一偏振的或非偏振的光通過濾波器，晶體充當衍射光柵偏轉入射光束。特定波長的光被通過改變輸送到晶體，從而改變衍射光柵的周期的聲波的頻率選擇。

吖啶橙-氮雜環生色含有吖核，其通過連續的堿基對之間的嵌入結合DNA和RNA，以產生一個強有力的，但非常寬的發射頻帶中的綠色到紅色的波長區域。吖啶橙通過藍綠色激光（488納米）或通過紫外線，紫色，以及耦合到電弧放電燈（汞或氙）藍色干涉濾光片激發。熒光團是一個極好的候選，用于顯示許多蜂窩結構，但是因為寬的發射光譜的不用于多探針染色是有用的。

Alexa Fluor染料 - 合成熒光綴合物染料，由Molecular Probes公司的商標，是用于標記抗體，核酸是有用的，如用于蛋白質一般探針，細胞骨架分子，脂質，和一般的神經科學。為的Alexa Fluor染料的激發和發射光譜跨越紫外區域和整個可見光光譜的較高波長的部分，甚至延伸到近紅外頻率。在一般情況下，將Alexa Fluor染料是指出他們的高穩定性和抗光漂白。

衰減（阻塞）級別-前它的光學系統中被檢測到，如在熒光顯微鏡減少的可見光或紫外線光信號或抑制。衰減的程度，通常表示在特定波長或波長范圍內的相對強度或*光密度的函數。衰減，也稱為調制或阻斷光的強度，可以完成與中性密度濾光片或一個聲 - 光可調濾光器（AOFT）的共焦顯微鏡。

自體熒光（初級熒光）- 背景熒光，由于內源性代謝物和有機或無機存在于生物樣本和其它材料的熒光化合物的生成。在一些情況下，自發熒光是足夠高的強度，以與來自熒光標記的分子的預期信號相混淆。自身熒光在生物細胞和組織的常見來源是黃素，黃素蛋白和核苷酸（FAD和FMN），B族維生素，還原吡啶核苷酸（NADH和NADPH），脂肪酸，細胞色素，卟啉，lipofuchsin顏料，血清素，和兒茶酚胺。自身熒光在植物細胞中從葉綠素（紅色熒光）和木質素（綠色熒光）派生主要。在一般情況下，自體熒光發射是*大的，當活細胞進行檢查以藍色和紫外光的激發波長。

自動熒光圖像分析（中）-再加計算機化顯微系統（反射光熒光顯微鏡，低光級相機和計算機）的熒光探針的應用，以使染色標本提供可靠和準確的檢測幾乎所有細胞的高速自動篩選。在臨床標本的疾病標志物可以使用這種技術，通過使用附著到抗體或核酸特異性和敏感性熒光染料進行監測。物鏡熒光團的有選擇性的激發產生具有高信號對噪聲的比率進一步增加檢測的靈敏度的圖像。

平均傳輸-在過濾器的命名，平均傳輸是指在某一特定區域的透射光的平均電平（有用發送頻帶），而不是在整個光譜。在一個標準的帶通濾波器，所述平均傳輸區域橫跨在發送頻帶的半*大值（FWHM）的整個寬度。在長通和短通濾波器，該術語表示過去的切口上，并切斷波長發射的波長區域，分別。

背景-可檢測的光（噪聲）不是從一個熒光探針的發射信號的一部分。的背景噪聲源包括激發和發射濾波器之間的串擾，來自于激發和發射濾光片針孔工件光泄漏，熒光染料的封固劑，非特異性熒光染色，電子噪聲在數字照相機系統的出血，和自體熒光。理想情況下，在熒光顯微鏡背景是黑色*大化的標本對比度。

帶通濾波器- 一個過濾器，傳遞一個定義，而衰減具有光波長都比通帶較短和較長的波長區域（或帶）。所發送的頻帶的中心波長被稱為中心波長（通常簡稱CWL）。有效帶寬是由全寬度半*大值（FWHM）的傳輸，可以將可選地稱為半帶寬（HBW）表示。帶通濾波器通常用作激發，和較少，如在熒光顯微鏡屏障過濾器。

屏障（排放）濾波器-光學濾波器通常設計成一個長通或具有良好定義的帶通區域，其發送從檢體，同時阻止殘余激發光收集物鏡熒光發射波長。屏障過濾器通常制造用著色玻璃或具有多重干涉腔和匹配在套與激發濾光片和二色反射鏡，以產生*佳的結果。

分光鏡- 用于分離光的入射波束成隨后被投射在不同方向的兩個或多個部件的一個常見的光學設備。分束鏡是在一個不同的配置，以滿足特定的要求提供。三目觀察筒組件的光學顯微鏡利用棱鏡分光器同時直接成像光束的目鏡和一個傳統或數碼相機系統。偏振分束器組成的結晶雙折射材料，以產生線性偏振光。在熒光顯微鏡，兩色（通常被稱為分色）鏡作為分光鏡來反映激發波長回源，同時發射波長更長的二次熒光發射的目鏡或探測器。

生物發光 - 生化氧化過程導致能量的釋放作為發射的光。螢火蟲發光，這需要酶螢光素酶催化底物螢光素和分子氧（以三磷酸腺苷的存在）之間的反應，是生物發光的一個常用例子。這種現象發生在多種海洋生物和昆蟲。

放氣通過（交叉）-流血通或者不想要的波長通過旨在阻止它們的光學濾光器發生交叉。該效應通常發生在一個過濾器的設計不允許波長排除在帶通區域的完整消干涉。滲出通過也是一個問題，當入射光的角度是相對于所述過濾器表面時，或當熒光染料的激發和發射光譜重疊高度傾斜。

籠熒光基團 - 一只籠中的熒光團通常是共價連接至所述籠蔽部分（通常是有機結構），但是可以通過光脈沖進行光解釋放（解籠鎖）。典型的熒光染料使用的是硝基芐基衍生物，其鎖定熒光物質成非熒光互變異構形式籠。各種籠分子已合成和實驗使用。

生色團 - 天然存在的或合成的顏料具有特征的光吸收，通常包含交替的單鍵和雙鍵的或環狀的芳族或雜環綴合的程度高的組合。在光學顯微鏡，發色團經常提及古典染料，如曙紅，藏紅或蘇木，用于染色的組織進行明觀察。因為它們表現出在紫外線，可見光和/或近紅外區域強的吸收光譜的熒光探針也被歸類為發色團。

相干反斯托克斯拉曼散射（CARS）顯微鏡 - 相干反斯托克斯拉曼散射顯微鏡的主要好處是，它使生物分子的調查不添加合成的熒光標記的或內源耦合到熒光蛋白。相反，該技術是基于靶分子的振動特性，并且不需要的物種是由紫外光或可見光電子激發。在實踐中，快速（皮秒或更低）的激光脈沖在近紅外區有兩個來源都聚焦到用顯微鏡物鏡和光柵掃描在橫向和軸向平面上的檢體。脈沖由選定分子的振動模式分離的頻率，并產生一個新的光束，其具有的波長比入射光束更短，在物鏡的焦點。二次波束生成對象物質的濃度分布，使檢體的三維圖像的結構。

相干光 - 光束由所述個體波振動同相位的定義，但不一定在同一平面上。為了維持長距離相同相位關系，相干光波必須是單色（具有相同的波長下）。例如，激光是高度相干的，幾乎單色的，且通常為線性偏振。

冷鏡 - 該工作在很寬的溫度范圍內的專門二色性干涉過濾器，以反映整個可見光光譜的同時非常有效地透射紅外線波長。類似熱鏡，冷反射鏡可以被設計為一個入射角介于零到45度，并用多層介質膜的構造，并以類似于干涉濾光片的方式。冷反射鏡可以用作二色性分束器與激光系統，以反射可見光的波長而透射紅外線。

聚光透鏡-在廣角熒光顯微鏡，所述集光透鏡被定位電弧放電燈和垂直照明器之間。現代燈室都配備有調節旋鈕，使集光透鏡的平移聚焦燈放電等離子體球。集電極透鏡收集的光通過廣域和定向的光以用于傳輸到檢體的垂直照明的后部。當一個熒光顯微鏡被配置為適當的科勒照明，集電極透鏡用于聚焦電弧等離子體的放大的實像在聚光鏡（物鏡）的前部孔。

有色玻璃濾光片- 玻璃濾光片包含嵌入式膠體或設計吸收特定波長的自由，而其他傳輸溶解的金屬。在熒光顯微鏡中，有色玻璃濾光片曾經廣泛地用于激發和屏障過濾器集和的紫外和紅外光作為有效阻斷。

共聚焦激光掃描顯微鏡（CLSM）- 光學顯微鏡的一個流行的模式，其中聚焦的激光束橫向掃描沿柵格圖案的試樣的x和y軸。所發射的熒光（反射光信號）由一個光電倍增管檢測并在一個計算機監視器上顯示的像素。像素顯示維度是由電子設備的采樣率和光柵的尺寸來確定。個從焦平面發射遠信號光子被設在一個平面上的共焦與試樣針孔光圈擋。這種技術使得能夠光學地沿著z軸切片標本。

復合視圖（投影視圖）- 通過添加沿一個共聚焦或多光子熒光顯微鏡的z軸一起獲取多個光纖段中創建一個看似三維圖像（該技術也可以被用微分干涉對比光學使用）。在常規的寬視場熒光顯微鏡，立體標本圖像往往由于排放產生的離即時焦平面模糊。當用共聚焦顯微鏡收集相同的圖像往往非常尖銳。

串擾 -  在標準濾波器術語的一個術語，它描述了*小衰減（阻塞）級以上的兩個濾波器放置在一起以串聯（背到后端）在指定范圍內。過濾器的串擾程度應為熒光組配套的激發和障礙（排放）過濾器時，應認真考慮。二色鏡通常包括在熒光濾光片組合串擾評估。減少或消除串擾有助于提供未從乘法染色標本，其光譜落在很大程度上出濾波器集合帶寬的熒光團并發熒光發射的圖像。

菁染料（花青染料）- 含有一個集中的雜環惡唑基部分，花青染料是熒光探針首先由Amersham公司銷售的，這是眾所周知的高耐光性，良好的水溶性，并且相對高效量子產率的程度。花青染料找到許多應用如用于蛋白質亞細胞組分的熒光標記物，核酸，和。所述熒光染料可以是微調在分子水平上，以產生具有寬的激發和發射波長光譜的衍生物，并且可以是在結構上改變，以控制溶解性，非特異性相互作用（降低背景噪聲），和物鏡反應性。

反卷積熒光顯微鏡- 解卷積分析是適用的算法來沿光（z）的獲得的圖像的一個貫通焦點堆棧軸線以增強特異性針對在圖像堆棧的給定圖像平面或多個焦平面光子信號的技術。顯微鏡必須配備安裝于焦點齒輪組，以保證圖像采集在試樣焦平面之間精確限定的時間間隔的步進電動機。在典型的應用中，反卷積分析被用于去模糊，并使用熒光激發和發射（盡管該技術對其它照明模式也是有用的）從感興趣的特定焦平面除去失焦光。*復雜的應用中應用去卷積分析，以整個圖像的堆棧，以產生投影視圖或三維模型。

descanning- 允許光通過在共聚焦顯微鏡檢體發射的光的過程中由物鏡收集并折回其路徑返回通過掃描鏡到二色鏡。當descanning機構被正確地對準，在探測器針孔的熒光圖像斑點保持穩定并且不會搖晃。

雙色分光鏡（分光鏡）- 干涉濾光器/鏡組合在熒光顯微鏡濾波器常用設置，以產生發射和反射的波長之間的清晰的過渡。當在相對于入射照明和發射光束以45度角傾斜時，二色鏡反射通過一個90度角的短激發波長上的檢體，并直通到目鏡和檢測器系統發送較長發射的熒光的波長。制成與干擾薄膜用于熒光顯微鏡二色反射鏡能夠反射90％或更多的激發光的同時發射約90％的發射帶的。該二色鏡通常是包含熒光光濾波器塊內三濾（激發，阻隔，兩色鏡）的核心要素。

停留時間 - 在共聚焦顯微鏡的一個術語，指的的是，掃描的激光束被允許保持在對應于在圖像中的單個像素空間中的單位時間的長度。通常，停留時間的范圍為0.1到1微秒或更長的時間，但設置的停留很長的時間增加了漂白的速度并降低活細胞的生存能力。

電子狀態 - 在原子或分子，而這又決定了負電荷（電子）在分子內和分子幾何分布的電子的整體結構。任何給定的分子可以在多種電子態（地面或多個興奮），這取決于總的電子能量和電子的自旋對稱的軌道中的一個存在。在室溫下，大多數的分子中存在的電子狀態用*少的能量（基態）。當分子吸收光子，電子被激發到更高的能態（激發態）。

發射光譜 - 后它由原子或分子（熒光色素）發射的波長的頻帶（頻譜）已被激發的光或能量從另一個輻射源的光子。后的熒光已發射的光子，則它返回到地面層次的能量狀態，并準備用于激發和發射的另一周期。典型地，熒光發射光譜，其被繪制為相對強度作為波長的函數，被定位在比刺激激發光譜的較長波長的區域（實際上，發射的平均波長長于激發的平均波長） 。此外，該熒光發射光譜的波長范圍和強度分布通常是獨立的激發波長的光。

落射照明（反射光）- 照明熒光和反射光顯微術的模式。在一個反射或外延結構中，照明源（通常稱為垂直照明燈）被放置在檢體為物鏡，它作為兩個聚光和成像透鏡系統的雙重作用的同一側。在熒光顯微鏡中包含的戰略定位在光路內，以反映從在試樣的方向上的燈的激發光并發射發射的熒光的目鏡或探測器系統中的二色鏡。

激發（激發器）過濾器 - 從匹配濾波器組（或濾波器立方體）在熒光顯微鏡的光學列車的*個元素。激發濾光器，連同其在該組貿易伙伴，通常是裝在垂直（EPI）照明器和過濾器選擇的區域從寬帶光源（如汞或氙弧光放電燈），以產生波長的激發頻帶為熒光顯微鏡。激發濾光片經常產生如使用干涉濾光器技術的選擇性帶通濾波器，但著色（染色）玻璃它們也可以構成。

激發光譜 - 波長的光譜，通常范圍從紫外和可見光光譜，其能夠激發熒光染料（原子或分子），以表現出熒光。通過掃描，通過熒光染料或熒光團的吸收光譜中產生的激發光譜，同時監測在一個單一的（峰值）波長的發射。在類似的吸收光譜的方式，激發是由于受激分子的振動和轉動弛豫（內部轉換）變寬。吸收和激發光譜是不同的，但往往重疊，有時，他們幾乎無法區分的程度。

濾波器斜率 - 光學濾波器的斜率是阻斷和傳輸之間的過渡區域的濾波器配置的指示。一般來說，濾波器的斜率是由波長的濾波器具有一個指定的塊級別和在這個區域的變化率的定義。兩濾波器或截止波長有相同的削減，但仍有顯著不同的阻塞水平和斜坡。非常尖銳的斜坡截止或切割區域發射波長窄帶寬，而淺層邊坡具有較大的帶寬。

熒光 - 通過該過程的合適的原子或分子，這是瞬時由外部輻射的吸收在適當的能量水平（通常是紫外光或可見光）激發時，釋放所吸收的能量作為具有波長長于吸收的能量的光子。在熒光，電子提升到的激發軌道單重態配對（或相反的自旋）相對于在基態軌道的第二電子。其結果，返回電子的基態是自旋允許并迅速與光子的伴隨發射發生。熒光激發和發射過程通常發生在小于納秒。

熒光各向異性 - 一個術語，指由于與入射的光子的電矢量的吸收偶極矩的瞬時對準熒光基團的選擇性激發。類似的激發，以激發熒光團的熒光發射發生在一個平面的取向平行于發射偶極矩。過渡（偶極）激發和發射的時刻有一個明確的方向與染料分子的分子軸，并通過一個角度彼此分開。激發態的壽命期間的熒光去極化的旋轉，將其排放的激發向量，產生一種機制來測量剛度（粘度）含熒光基團的環境。熒光各向異性定義為平行于偏振的令人興奮的光的電矢量垂直于矢量強度的發射強度之間的差的比率，除以總強度。

熒光相關光譜（FCS）- 主要用激光掃描共聚焦或多光子顯微鏡，熒光相關光譜是一個設計為確定在只包含一個卷或幾個分子的分子動力學，關于化學反應速率，擴散系數，分子量，流速，和聚集產生的信息的技術。在FCS，小體積（大約1飛升）照射聚焦的激光束來記錄從數字或占用容積作為時間的函數的分子的量子產率產生的自發熒光強度的波動。比較小的熒光團彌漫迅速通過照明量，以產生強度短，隨機掃射。與此相反，較大的復合物（熒光團結合到大分子）移動更慢，產生更長，更持續時間依賴性熒光強度的圖案。

熒光和DIC顯微鏡結合 - 結合兩個***的對比度增強的光學顯微鏡技術，熒光和微分干涉對比（DIC）可以耦合到圖像的細節，同時觀察活細胞中加入熒光基團的分布。因為DIC需要結構復雜的偏振片和雙折射分光鏡（Nomarski或Wollaston棱鏡）使用透射光，對物鏡視場圖像必須被分別與反射光的熒光得到。由此產生的圖像結合（覆蓋）空間映射的熒光強度作為細胞結構功能。在某些情況下，熒光顯微鏡雙色鏡可以用來作為一個偏振器（分析器）使在這兩種模式同時成像。

熒光濾光片組 - 通常安置在方形光塊，熒光濾波器組組成的激發和屏障（排放）以及一個雙色鏡濾波器。過濾塊位于垂直照射，以上的目的，使入射光可以通過激發濾光片和雙色鏡反射從表面到樣品。由試樣發出的熒光是由目的收集并通過雙色鏡傳送到目鏡或探測器系統。熒光濾波器組對各種過濾器的組合來減少過濾器之間的串擾和*大熒光強度的帶通區域匹配的記錄。

熒光原位雜交（FISH）- 沒有直接關系的水生生物，熒光原位雜交技術是基于使用熒光標記的單鏈的互補序列（稱作cDNA的）染色體DNA的靶序列之間的雜交，以確定特定的基因序列的位置。在一個方法稱為直接FISH，熒光染料被直接耦合到互補的核酸探針，以使探針 - 靶雜交復合物，以用熒光顯微鏡進行觀察。熒光標記的抗體的雜交后，以放大熒光信號和擴大可用于多個標記實驗的熒光團的數目間接FISH包括結合到互補探針。

熒光壽命 - 特征時間，一個分子返回到基態之前保持在受激狀態。在激發態壽命，熒光團能夠經歷構象變化，以及與它的本地環境相互作用。的熒光壽命被定義為其中一個熒光團的初始熒光強度衰減到初始強度的1 / e（約37％）的時間。這個量是從激發態到基態的熒光衰減的速率常數的倒數。

熒光壽命成像顯微術（FLIM）- 一個成熟的技術，使兩者的熒光壽命和整個圖像中的每一個位置的熒光基團的空間位置同時記錄。該方法提供了一種機制來研究環境參數，如pH，離子濃度，溶劑的極性，和在單個活細胞的氧張力，呈現的數據在一個時間和空間陣列。的納秒的激發態壽命的FLIM測量是獨立的本地化的熒光團的濃度，光漂白效應，和路徑長度（試樣厚度），但激發態反應如共振能量轉移的敏感。

在漂白熒光丟失（FLIP）- 在相關的FRAP的技術，一個限定的活細胞內的熒光的區域進行重復漂白由照明用強烈照射。在一個測量時間段，這個動作將導致熒光信號的完全丟失整個細胞如果所有的熒光團能夠擴散到正被光漂白的區域。通過計算，在其中的熒光從整個單元熄滅的速率，物鏡熒光團的擴散遷移率可以被確定。

熒光顯微鏡- 在光學顯微鏡的一種流行的臨床和研究的技術依賴于熒光分子的激發與一個特定的波長區域產生一個圖像在更長的波長的熒光發射產生的次級。現代熒光顯微鏡配備有反射光照明，將中性密度過濾器和專業相結合的干涉濾光片分離入射光從所檢測到的熒光發射。

熒光相差顯微鏡結合- 傳統相襯光學上可加上熒光顯微鏡來觀察活的熒光團和固定細胞的空間分布和映射的發光強度，以特定的結構和細胞器。因為相位對比技術需要發送一個與一個環狀孔（聚光鏡環形）改性并檢測到與空間濾波器（相板），其定位在所述物鏡后焦平面光照度，視場必須被獨立地選自熒光，以便捕獲以獲得*佳的對比度。然后將得到的圖像進行組合（疊加）在空間上映射熒光強度作為蜂窩結構的函數。部分廠家報價低密度相板，使活細胞的相襯和熒光的同時成像。

熒光漂白后恢復（FRAP）- 平移移動（橫向擴散系數）的熒光標記的大分子和小分子可以通過光漂白恢復技術確定。在FRAP，非常小的，選定的區域（直徑為幾微米）受到強烈的照明，通常用激光，以產生完整的光漂白熒光團在該地區。其結果是一個戲劇性的減少或消滅熒光。在光漂白速率和脈沖，在漂白區熒光強度的恢復程度監測作為時間的函數產生的熒光團和恢復的動力學類型信息。

熒光共振能量轉移（FRET）- 共振能量轉移現象的一種適應熒光顯微鏡以獲得定量的時間和空間的蛋白質，脂質，酶的結合和相互作用的信息，和在活細胞中的核酸。FRET顯微鏡是利用穩態和時間分辨技術進行的，但時間分辨FRET成像具有更準確的映射的供體-受體的距離。一個標準的熒光顯微鏡配備適當的激發和發射濾波器和一個敏感的攝像機可以進行FRET成像。

熒光斑點顯微鏡（FSM）- 一個廣角和共聚焦顯微鏡采用熒光標記的亞基濃度很低的兼容技術（例如，微管蛋白）減少熒光遠離焦平面，從而提高活細胞較厚的區域的標記的結構和動力學的能見度。這是通過標記只有一小部分的感興趣的整個結構完成。熒光斑點顯微鏡已經非常有用的定義運動與細胞骨架元素的聚合動力學，如肌動蛋白和微管，在活細胞中。

熒光染料 - 天然或合成的染料或分子，其能夠表現出的熒光。熒光染料（也稱為熒光分子，探針，或熒光染料）通常含有氮，硫和/或氧與離域電子系統和反應性部分，使附加到一生物物種中的化合物的多核雜環分子。

熒光 - 結構域或一個分子能夠表現出熒光的特定區域。熒光物質可分為兩大類，內在的和外在的。固有熒光的生物結構和其他材料的自然發生。外在的熒光基團被添加到一個試樣不顯示所需的光譜（熒光）的性質。在許多情況下，熒光團是由一個小的芳香分子（熒光染料）通過化學反應或被吸收到一個更大的大分子。典型的例子包括吖啶橙插層的連續的DNA的堿基對之間，在結合蛋白或抗體的熒光基團，和四吡咯環系統中的葉綠素。

康登原理 - 一個基本概念的熒光現象，這是基于這樣一個事實：分子核電子躍遷期間是固定的（由垂直線在康登或雅布倫斯基圖）。從基態躍遷到能量較高的電子激發態在如此短的時間內發生（測量飛秒），核沒有足夠的時間使。因此，*的電子從基態躍遷到激發態，可以是那些在基態和激發態的電子位置的概率*大重疊。

半高全寬（FWHM）- 由玻璃或干涉濾光片透射波長的帶通區域是由一個參數，稱為全寬度半*大值描述（簡稱FWHM）。在切斷邊界切定義為上下波長產生的*大透射率百分之五十的過濾器，和中心波長（CWL）在通帶波長區域的算術平均值。例如一個寬度為40表示傳輸帶寬跨越40納米，可以為在紫外，可見或紅外區域的任何地方。寬也被稱為半帶寬（HBW許多教科書）。

綠色熒光蛋白（GFP） - 從水母來源的天然蛋白的熒光探針水母這是通常使用的，以確定位置，濃度，相互作用，并在活細胞和組織的物鏡蛋白的動力學。激發光譜和發射光譜增強

諧波顯微鏡（HGM）- 諧波發生時，光激發事件涉及在多個諧波頻率在特定合作發射結果兩個或兩個以上的光子（主要是，第二和第三）沒有對光子的吸收。諧波頻率的產生本質上是一個非線性散射過程產生的發射光子波長的兩倍的頻率或波長的一半（倍頻）的入射光照明。光學顯微鏡，透明標本缺乏對稱性與諧波技術成像的理想人選。不像典型的探針與傳統熒光顯微鏡的照明技術的現狀，改變激發光波長的發射波長產生相應的變化。此外，所發射的光的相干和保留樣品的相位信息。

熱鏡 - 專業雙色干擾濾波器通常采用熱量反射回光源的光學系統的保護。熱鏡可以用來插入到光學系統的入射角為零度和45度之間變化，并且是有用的各種應用在生熱會損壞組件或照明光源的光譜特性的影響。波長從750到1250納米的紅外熱反射鏡系列。通過發射可見光而反射紅外熱反射鏡，也可以作為雙色分光鏡在熒光顯微鏡專業的應用。

免疫熒光顯微鏡 -  熒光顯微鏡，分子靶向的物種模式（蛋白質，核酸，膜，等）標本中是高度特異的熒光抗體標記。在標記抗體已被選定的波長區域興奮，二熒光發射收集的目的形式的標本圖像。抗體是通過聯軸器直接與熒光標記（熒光染料；被稱為直接免疫熒光法），或與第二熒光抗體識別抗原表位的抗體（間接免疫熒光法）。

增強硅增強靶（ISIT）相機 - 攝像管用于微光成像應用，如試樣具有很低的量子產率的熒光顯微鏡。這些電子管基本上是一個硅增強靶（

坐）管的像增強器耦合的光纖作為*光放大階段加入改性。

干擾濾波器- 一個濾波器的透射或反射的波長的一個特定的區域或帶，在熒光顯微鏡中常用的分離激發光的熒光發射。干擾濾波器是通過幾種絕緣材料或絕緣材料和金屬薄膜的連續層的交替層的制備。介電層之間的間距（或之間的介電層和金屬層）都僅限于1/4或半個波長允許建設性干涉和加強傳播的光通過濾波器在特定波長。所有其它波長的光產生破壞性干涉，吸收或反射，但不通過過濾器。

內在的生命周期 - 定義為在任何過程，競爭激發態失活沒有電子激發態的壽命，固有壽命測量的熒光的衰減速率常數的倒數。在實踐中，熒光壽命的測量是一個組合的固有熒光壽命和非熒光過程（淬火，非輻射弛豫，等）導致的激發態弛豫。測得的壽命總是小于固有壽命和量子產率的一個指標。

等色點- 一個色點通常觀察時的激發或發射光譜的熒光染料進行化學或物理反應的平衡是作為一個記錄每個物種的濃度的函數。曲線的發射與波長（或頻率）這樣的混合物通常會在一個或多個點相交（波長），稱為色點。效果也可能為一組的兩個或更多無關的光譜中出現，非相互作用的熒光染料具有相同的總濃度。在一個單一的化學物種，色點會出現在所有波長的摩爾消光系數相等。作為一個例子，該熒光染料Fura-2激發光譜顯示一個色點在362納米時，稀溶液進行滴定鈣。

雅布倫斯基圖- 一個能級的熒光分子的基態和激發態電子占據的圖形化描述。單重態和三重激發態通常分別說明了，但附近的另一。雅布倫斯基圖確定的電子態和振動能級的能量的相對位置作為一系列的水平線。國與國之間的電子躍遷是由垂直線表示（激發和發射），而內部轉換，振動弛豫，淬火現象的波形垂直線表示。系統中的單重態和三重態之間的交叉的斜直線或波浪線描繪。

液晶可調諧濾波器（LCTF）- -電子控制裝置，使光成像質量過濾而提供光學顯微鏡清晰孔徑。這些過濾器操作通過一系列的波片是由雙折射材料層和液晶層，夾在兩個線性偏振器之間。液晶層的雙折射是通過改變施加到透明導電層相鄰的層電壓微調。偏振光進入濾波器進行波長依賴旋轉的波片，其衰減和轉換成由分析儀的幅度變化（第二偏振器）。LCTFs旨在控制通過改變液晶的雙折射特性和串聯使用多個波片參數濾波。

長通（LP）濾波器- 一種光學干涉或有色玻璃濾光片衰減較短的波長和發射波長較長（通過）對物鏡光譜的活動范圍（紫外，可見，或紅外）。長通濾波器，它可以有一個非常陡（簡稱邊緣

發光 - 從任何物質的光的發射（通常是一個分子或原子）發生從電子激發態的產生可以通過物理（光吸收），機械，或化學機理。發光形式分為兩類，熒光和磷光，這取決于激發態的電子結構和排放途徑。產生的發光可以通過紫外線或可見光光子激發發生（光致發光），電子束（陰極射線發光），應用熱（熱釋光），化學能量（化學發光），生化酶反應（驅動生物發光），或者通過能量從機械的動作（摩擦發光），如摩擦。

微通道板 - 一個板，包括一個緊湊的陣列與金屬壁的毛細管，這是專為二代放大光電子信號（高代）圖像增強器。從增強靶光電子被加速到板，經過多次的碰撞和與管壁的電子放大的事件，導致在一個大的電子級聯和原來的光子信號放大。微通道板是用于檢測在熒光顯微鏡非常微弱的發射信號。

鏡像規則 - 熒光發射光譜通常是激發光譜的鏡像時的相對強度對波數（相對于波長）的函數作圖。發生這種現象是因為受激電子回到一個特定基態振動能級的概率有關的相似的振動和轉動能量狀態之間在地面上的狀態與那些存在于激發態的程度。實際上，*可能的返回通路對電子從第零振動基態中的*激發態的激發過渡到第二振動水平是從處于激發態的第零級的振動的第二振動水平，在基態（來自S對激發（0）=0?S（1）= 2，接著發射從S（1）= 0至S（0）=2）。

摩爾消光系數- -廣泛應用于光譜的領域，顯微鏡，熒光，摩爾消光系數通常是由希臘符號表示ε（ε）和在轉換單元的摩爾濃度的吸光度為多種化學物質的單位有用。消光系數是通過在參考波長測量吸光度（吸收分子的特性）為1摩爾（M）濃度（一摩爾每升）在具有厘米路徑長度比色皿物鏡化學。參考波長通常是*大吸收在紫外和可見光光譜的波長。消光系數是一個分子對光的吸收能力的直接測量。

單色- 一束光，是由一個單一的波長。單色光的概念是很容易想象，但這一現象，由于海森堡的不確定性原理，實際上并不存在于自然界中。在實踐中，單色光確實不局限于單一波長，而是一個窄帶組成的兩個或更多的波長。即使從激光的單色輻射，激發原子源，或一個窄帶干涉濾光片具有可測量的帶寬。

多重熒光濾光片組 - 設計用于同時觀察，顯微攝影，或數字成像的多個熒光信號，該濾波器組包含專門的干擾濾波器調諧通過兩個或兩個以上的波長區域。集合中的每個濾波器的傳輸配置文件包含多個波峰和波谷的透射和反射特定的激發和發射波段類似于傳統的單探頭過濾器的組合。配準誤差和圖像的變化時所發生的多個探針依次進行單獨的過濾器組合與多個探針濾波器組消除。然而，帶寬的限制，加上拒絕某些波長不能和傳輸特征的有限的陡度，降低了這些濾波器的性能集比較特定的熒光染料單獨過濾器。

近場掃描光學顯微鏡（NSOM）- 近場成像時發生的亞微米光學探針位于一個很短的距離的樣本和光通過在探針**的小孔透射。近場是指尺寸小于一個波長的入射光在表面的表面上方的區域。近場區內，瞬逝光不衍射極限的納米空間分辨率是可能的。這種現象使非衍射極限的成像和光譜的樣品，是不可能與傳統的光學成像技術。

中性密度（ND）濾波器- 廣泛用于各種光學顯微鏡的應用，中性密度濾光鏡的顏色中性灰（類似熏玻璃）和旨在減少透射光強均勻分布在一個小數量的波長或整個波長光譜不改變照明的光譜分布。中性密度過濾器是用于控制在熒光顯微鏡的照明強度的理想因為高強度的電弧燈常用的光源不能用可調電源控制電壓調節。

尼普科夫圓盤- 一個薄的不透明的盤用激光共聚焦顯微鏡產生一個真實的圖像，可以目視檢查或記錄在一個高分辨率的數碼相機系統。相反，傳統的單點掃描儀器產生的，是由一個光電倍增管產生的信號重建，在計算機顯示器上顯示圖像。“尼普科夫圓盤含有微小針孔成千上萬，這在高速運轉時，提供并行的微型衍射受限點從每個針孔試樣的掃描。從樣品的熒光發射被重新聚焦在磁盤相同的針孔在拒絕的光聚焦在傳統的共聚焦顯微鏡單針孔提供相同的功能。

光學（分子）熒光筆 - 光學鑷子，可選地被稱為一個單光束激光陷阱采用從通過紅外激光器發射的光子流的輻射壓力，以俘獲或捕獲和重新定位微觀對象，如蛋白質包被的珠。這種技術已被應用到測量由馬達蛋白運動和細胞粘連的強度產生的力。雖然激光鑷子或*常在寬視場熒光顯微鏡使用時，它們也被并入共聚焦和多光子成像系統。

珀爾帖熱電制冷 - 在數碼相機用于熒光顯微鏡的一個共同特征，Peltier冷卻系統包括一個雙金屬片的一個表面上成為熱點和冷的另一個電流中的應用。這些設備可用于快速和有效地冷卻的電荷耦合器件（CCD）在50和60攝氏度以下，在一個緊湊的空間環境溫度。冷卻的CCD相機系統可以集成電荷的光電二極管中更長的時間比傳統的非制冷設備沒有顯著增加的噪音水平。

磷光 - 光的輻射（光子）從激發三重態在激發軌道電子具有相同的自旋取向為基態的伙伴。因為一個三重態躍遷到基態是禁止通過量子力學的規則，磷光發射速度慢得多（以毫秒到秒）比熒光觀察。在一般情況下，磷光通常不會觀察到溶液中，其中大多數化學和生化環境，室溫。

光活化 - 基因編碼的熒光蛋白，通常很少或根本沒有顯示的初始熒光的激發下，在成像波長，但大大增加其熒光強度在不同的照射激活后（通常較低）的波長，稱為光敏。這表明在蛋白質活性，綠色熒光蛋白變體，稱為PA-GFP，是*廣泛的研究。

光漂白（衰落）- 熒光永久損失的分子由于光子誘導化學損傷或共價修飾。在一般情況下，漂白時發生的熒光發生系間竄越從單重激發三重態。在激發態分子通過與相鄰的氧分子或復雜的化學反應很容易修改。后者的物種的反應將永久破壞的熒光和產生單線態氧自由基等生物分子的化學修飾。熒光光漂白后已，它通常不能恢復。光漂白率可以通過降低激發光通量或通過限制氧濃度大大降低。

光電倍增管（PMT）- 電氣裝置的設計和放大的光子信號采集。入射的光子擊中物鏡的光電倍增管上解放自由電子，被加速到一個倍增電極依次釋放電子放大的流。幾種光電倍增管的串聯排列，產生巨大的放大程度從每個原始光子然后發送信號處理電路。不同于面陣探測器如電荷耦合器件（

CCD），光電倍增管不形成圖像。

光毒性- 一個活標本過度暴露于高強度光照損傷。光毒性的水平普遍降低波長的增加，但這一現象背后潛在的眾多機制了解甚少。大多數活細胞顯示增強的光毒性水平時同時暴露于合成的熒光物鏡特定的亞細胞位置，如細胞核，線粒體，高爾基體，內質網。

針孔- 在激光共聚焦顯微鏡，可變光闌小孔孔放置在光源和檢測器使顯微鏡對試樣中產生焦平面的光學切片。在濾波器的術語，針孔是指在涂膜小小休息（在干涉濾光片薄膜主要產生粉塵或碎片）由在襯底中的應用。針孔的大小是衡量的標準在特定條件下使用的高強度照明。

多色鏡（polychroic分光鏡）- 一種專門的鏡或分束器，是用來傳輸從試樣的熒光發射多通帶區域，而反射其他定義的波長區域對應的激發帶。多色鏡多波段熒光過濾器組合為消除登記轉移時，成像探針在一個樣本的關鍵部件。*復雜的多色鏡可以反映三個或更多的激發帶和發射至少三個發射帶。

量子效率- 由數字圖像傳感器行業常用的一個術語，量子效率是衡量圖像傳感器的有效性（如電荷耦合器件，CCD）從入射的光子產生電子電荷。定量，量子效率是指一個參考時間期間的每一個光電二極管產生的電子入射光子數。量子效率的變化是由于傳入的電磁輻射頻率的依賴基板入射波長的函數的吸收系數。在實踐中，由于二氧化硅，氮化硅薄膜干涉效應，并在圖像傳感器的表面多晶硅也將導致量子效率的波長依賴性。大部分廠家目前熱像儀量子效率是一個陰謀與目的波長比較。

量子產率- 熒光發射效率的定量測量，一種熒光染料或熒光量子產率表示為發射的光子數吸收光子數之比。換句話說，量子產率表示的概率，一個給定的激發熒光產生的光子發射（熒光）。量子產率通常值0和1之間的范圍內，與熒光分子探針顯微術中常用的量子產率的范圍從非常低（0.05或以下）幾乎統一。一般來說，高量子產率在大多數成像應用中是可取的。一個給定的熒光量子產率的變化，有時大的極端，與環境因素，如pH值，濃度，溶劑的極性。

淬火- 在熒光發射由于環境條件如pH，離子強度，熒光染料的溶劑效應降低，或局部高的熒光染料，減少排放的有效濃度。淬火是表現在激發態的電子基態非輻射弛豫。激發熒光基團可以通過共振能量轉移猝滅當他們在靠近受體分子的激發態能量可以轉移。

紅色熒光蛋白（RFP）-熒光蛋白來自海葵屬羽毛，作為熒光探針來確定位置，濃度，相互作用，并在活細胞和組織的物鏡蛋白的動力學。為了把RFP進入細胞，該基因的DNA序列連接到編碼感興趣的蛋白質的DNA。在培養的細胞被轉染的DNA修飾，它們能夠表達嵌合熒光蛋白在顯微鏡下觀察。

共振能量轉移（RET）- 一個過程，在激發態的熒光基團供體的激發能量轉移到相鄰的（在10納米）受體生色團的非輻射，通過偶極-偶極相互作用。供體和受體的吸收譜帶發射光譜之間的重疊是通過這種機制的能量傳遞要求。能量轉移表現為淬火的供體和受體的存在熒光的增加（敏化）的受體的熒光發射。

劃痕和挖- 缺陷對那些在軍事規格標準來衡量光學表面發現。劃痕表面缺陷的長度遠遠*過寬度，同時挖掘指顆粒和在內部或存在嵌入在過濾器的暴露表面的涂層的小氣泡。劃痕的厚度被測量并以微米和挖，坑的直徑規定，并且氣泡被記錄在10微米單位。例如，一個80/50刮傷/坑過濾器規范建立了80微米的劃痕和500微米的挖掘范圍。完整的規范也限制允許的瑕疵在整個表面面積的數量。

短通（SP）的過濾器- 光學干涉或有色玻璃過濾器，在物鏡光譜（通常是紫外和可見光區域）的活性范圍衰減較長的波長和發送（傳遞）更短的波長。短通濾波器，其可具有一個非常尖銳的斜率（被稱為邊緣過濾器），是由截止波長在峰值發送的50％進行說明。在熒光顯微鏡中，短通濾波器被經常使用在二色反射鏡和激發濾波器。使用低通的舊術語來描述短通濾波器現在氣餒，因為它更準確地指的是頻率，而不是波長。

信號噪聲比（S / N）- -光信號從樣品的噪聲標準比（光）的背景。噪聲被定義為噪聲分量的方差貢獻的總和的平方根。在噪聲光子有限公司和背景噪聲可以通過背景信號的平方根近似的情況下，信噪比定義為標準偏差的樣本信號區分背景信號，平均數。熒光顯微術中，信噪比可以由過度的背景信號由于染色技術或非常低的信號從感興趣的探頭妥協。

硅增強靶（SIT）相機- 一個專門的視頻攝像機所設計的低光照條件下，往往為準熒光顯微鏡下進行操作。到SIT攝像管包含一個光電陰極，可以加速光電子在硅二極管靶板大幅放大信號。掃描電子束中和隨后的物鏡，而生成包含該信號一個電子束電流。

單重態 - 對于任何多電子系統（在原子和分子），當電子自旋都是成對的，該電子配置被稱為單重態。的原子或分子的自旋量子數（S）是在系統內的電子自旋的總和的*值。這種系統的多重性被定義為量2S+ 1，并與在單重態的雙電子系統反平行（配對）旋轉時，多重性為1與自旋量子數是零。

光譜成像 - 它利用硬件一種*的熒光技術（通常并入到共焦檢測器單元），以所發射的光從多個熒光團為獨立的光譜分量分開。線性分解是所附的計算過程中，有關反卷積，它使用頻譜從每個熒光團就好像它是固定的位置，以分離或UNMIX分量信號的點擴散函數。該技術是可用于區分不同的熒光團具有高度重疊的光譜曲線的**的分析工具。

線性分解 - 涵蓋具有恒定的照明和觀察進行的所有的成像和測量，穩態熒光是熒光實驗的*常見的類型。試樣被照亮用過濾的光的連續梁，以及熒光強度或發射光譜記錄有一個檢測器。后立即暴露于激發光照的大多數在熒光顯微鏡觀察的標本達到穩定狀態。

受激發射損耗顯微鏡（STED）- 展覽空間分辨率*過衍射極限的限制，受激發射損耗顯微鏡是一種新興的技術，使用相對物鏡實現軸向分辨率低于50納米的。該技術依賴于在激光器采用同步的激光脈沖激發熒光團和空間協調的圓形鋼脈沖消耗發射掃描焦斑周邊抑制激發分子熒光。熒光是在現場周圍的抑制，但不在中心，從而大大降低了熒光光斑尺寸與分辨率增加承諾。

斯托克斯移- 包括熒光激發和發射的光子能量或波長之間的差異通常被稱為斯托克斯頻移在喬治G.斯托克斯的榮譽，誰*個觀察到的現象在1852，在劍橋大學學習。在實踐中，斯托克斯位移的熒光分子的光譜激發和發射*大值之間的波長差的測定。這個值變化很大，這取決于熒光染料的電子配置，但范圍可以從幾納米到幾百納米。例如，斯托克斯偏移熒光素是約20納米，而200納米卟啉。斯托克斯的轉變是在熒光顯微鏡的偉大的工具，因為它使分離的激發和發射波長的干涉濾光片。

表面平整度（過濾器）- 在光學應用的一個術語，表面平整度是衡量從一個**的平面光學元件表面的偏差。在熒光濾光片設計的光學顯微鏡，表面平整度在相應的分數或倍數綠色可見光波長的測量（550納米），橘紅色（630納米），或使用一個特定的帶通濾波器的中心波長。當平面波從鏡子或過濾器的表面反射，實際的波前畸變是兩表面的平面度值。在雙色鏡，表面的平整度是通過從正面反射的光的波前畸變的測定（反射）表面。

薄膜干涉涂層- -干擾濾波器的主要組成部分，這些涂層是采用幾種介質材料或介電材料和金屬薄膜連續層的交替層的制備。介電層之間的間距（或之間的介電層和金屬層）都僅限于1/4或半個波長允許建設性干涉和加強傳播的光通過濾波器在特定波長。所有其它波長的光產生破壞性干涉，吸收或反射，但不通過過濾器。每一層的干涉膜是無色的，但在層與層之間的多個接口創建的思考并通過干擾選擇性地反映某些波長和傳播他人，帶有明顯的色彩渲染過濾器。

時間分辨熒光- 用于測量強度和各向異性衰減，時間分辨熒光測量依賴于暴露試樣的短光脈沖，在脈沖寬度通常短于熒光的衰減時間。熒光發射強度的衰減通常是用高速檢測系統，允許的強度和各向異性是一納秒的時間尺度上的測量記錄。

全內反射熒光顯微鏡（TIRFM）- 技術設計與光束旅行兩個不同的折射率的介質之間產生的倏逝波熒光標記的活細胞表面探頭。在實踐中，入射激光束是在臨界角反射（全內反射）遇到顯微鏡載玻片和含有細胞的水介質之間的界面時。在幾納米的表面的熒光團的倏逝波激發，而那些遠不受影響。該技術通常被應用于研究分子與表面的相互作用，該地區是非常重要的，廣泛的學科在細胞和分子生物學。

透射波前畸變（TWD）- 引入的失真度為平面波時，它是通過一個光學元件透射。透射波前畸變是一個波長的分數或倍數的測量（通常為550或630納米）。的透射波前產生的表面平整度的變化以及光學元件的外表面的失真，以及來自內部的不連續性和折射率不均勻性。

三重態- 對于任何多電子體系（原子和分子），當電子的自旋不配對的電子結構，稱為三重態。同時，對其他量子數相等的值，較高的多重態的能量較低的狀態。因此，一個激發態具有比相應的單重態能量較低的。自旋量子數（S）原子或分子的電子自旋的總和的*值范圍內的系統。這樣一個系統的多樣性被定義為量2S + 1，和具有平行于三重態一二電子系統（不成對）的自旋，自旋量子數為1的重數是3。

雙光子顯微鏡（多光子）- 一個衍生技術，激光掃描共聚焦顯微鏡在熒光激發是基于紅外線或長波長的可見光激光束的能量密度被調整到允許的頻率增加一倍或兩倍于試樣的光束的聚焦點。在樣品的熒光團同時由兩個或三個光子激發產生激發態的躍遷，相當于單光子熒光。例如，兩和三光子激發在900納米相當于450和300納米激發高能量的光子，分別。多光子顯微鏡能夠深入滲透到厚的組織和消除針孔孔徑的需要，因為熒光發射被限制到一個單一的焦平面。（奧林巴斯顯微鏡）

體繪制- 技術使用的算法來創建任意角度的三維圖像的計算機可視化而不需要任何中間轉換的集合表示表面幾何數據。在激光掃描共聚焦顯微鏡，體積渲染通常是在光學部分進行堆棧從熒光樣品聚集在三個維度產生試樣的半真實的模型。

楔形（平行）- 在弧分或從平坦的光學元件（通常是一個過濾器或窗口）的外表面之間平行變化的弧秒的測量。顯著楔角可以引入一個角偏差對波前穿過元件，從而導致圖像的變化和準誤差時，視神經位于成像路徑。對于一個典型的過濾器元件或窗口，角度偏差的水平為約二分之一的楔角。在內部覆蓋表面楔工件可以產生重影圖像，作為離軸內部反射的結果。

變焦 - 在激光掃描共聚焦顯微鏡，變焦倍率控制允許相當水平的靈活性以不同掃描在試樣上的光柵區域，并因此提供在橫向（XY）試樣平面像素尺寸的連續控制。通過使顯微鏡的動作中符合的兩個以上的像素每*小光學分辨圖像點奈奎斯特/ Shannon采樣準則優化圖象信息內容的變焦控制協助。變焦控制通過調節所述電流計的電流水平調節掃描鏡偏轉的程度。