一般情況下，根據其勵磁和排放特性，以及它們的化學和生物特性的熒光探針進行分類。以下表格評論中的每個重要的生物類探針的例子。

蛋白質、 核酸、 糖類、 脂類和毒素

• 受體激動劑/拮抗劑： TRITC 標記金環蛇-受體的分布可以觀察到在神經肌肉接頭時金環蛇專門與乙酰膽堿受體結合。



• 抗體： FITC 標記的抗鼠 IgG (或 IgG 和 IgM) 抗體-選定 （二級抗體） 抗抗體 IgG、 IgM （原發性抗體） 從各種動物用熒光染料標記。

• 親和素： 德克薩斯紅色標記鏈霉親和 （或抗生物素蛋白）-這種探頭可以用于檢測生物素標記的魚探針或抗體，因為抗生物素蛋白可以綁定具體與生物素。

• 葡聚糖： 德克薩斯紅標葡聚糖-葡聚糖、 多糖 3,000 對 70000 的高分子量用熒光染料或探針 （例如，鈣離子探針、 pH 探頭或熒光素） 標記。標記的多糖是注入到一個單元格，然后均勻地分布在細胞質中。

• 血脂： NBD 標記卵磷脂-與膜脂質膜流動性，測量手段光漂白技術 （主要光漂白、 FRAP后恢復），并觀察的膜融合過程混合血脂用熒光探針標記。

• 核苷酸： Cy3 標記筒樁-用于在標簽的熒光原位雜交技術 （魚探頭 （通過尼克翻譯）。尼克翻譯是一種技術的標簽魚探針的 DNA 片段。試劑通常由制造商提供的套件的形式。DNA 降解酶 （頭 1） 隨機刻痕，在主反應中，兩個 DNA 鏈之一和第二個酶 （DNA 聚合酶 1） 消化來自尼克的 DNA，同時在消化部分合成 DNA。一片廣闊的新合成的 DNA 含有熒光染料標記的核苷酸。可代替熒光染料標記核苷酸的生物素核苷酸 (生物素-16-末端） 或*********核苷酸 （dioxigenin-11-末端）。

• Phallotoxin： 羅丹明鬼筆-成捆的肌動蛋白微絲 （應力纖維） 可以觀察在細胞中，因為熒光標記的鬼筆和 phallacidin 可以綁定具體與肌動蛋白微絲 （微絲）。

脂質膜的染色

• 膜電位明智探頭： WW 781、 RH-155 和 Di-8-ANEPPS-這些染料被納入細胞膜。他們吸收或熒光強度隨膜電位。應使用快速類型染料的反應率約為毫秒為單位）。

• 細胞器膜特異性探針： DiOC6(3)，NBD 神經酰胺，羅丹明 123-這些染料染色專門的細胞器膜、 內質網膜、 高爾基體細胞膜、 線粒體膜等。

• 示蹤探頭： DiI、 DIO、 DIA-這些染料被納入細胞膜和觀察的神經延長使用。

染色的細胞質

• 離子濃度明智染料： Fura 2、 印 1、 熒光 3，BCDCF 和竊用-1-膜滲透乙酰氧甲基酯的探針很容易引入活細胞。其熒光強度和勵磁/熒光光譜有所不同 （例如，鈣離子和 ph 值） 的細胞內離子濃度。

• 示蹤染料： 磺基羅丹明 101 和路西法黃色 CH-這些水溶性染料是微注入的神經細胞的擴展觀察的單元格中。

• 活細胞進行了探討： 鈣黃綠素 AM 和 CFDA （羧基熒光素二乙酸酯）-細胞中酯酶轉膜滲透入膜防滲的染料，染料從而捕獲它們在細胞內。

• 核酸染色： DAPI，碘化丙啶，赫斯特熒光染料 33342，溜溜球 1

• 這些染料與核酸 （DNA、 RNA） 的細胞內綁定，并成為熒光。他們都用來觀察細胞核和染色體的形態，確定 DNA 數量。

• 熒光蛋白： GFP (綠色熒光蛋白和衍生品)

• 這種蛋白*初從水母中分離并發出藍色光激勵下的綠色熒光。綠色熒光蛋白基因已被孤立和改善，以獲得不同顏色的變種。

• 熒光酶底物：Dihydrorhodamine 123

• 酶的活性可以測量顯微鏡熒光染料隨著由特定酶在細胞中。

• 熒光乳膠：FluoSpheres (分子探針）

• 聚苯乙烯珠有直徑在 0.01 和 15 微米之間用于在觀測中的運輸在軸突，吞噬作用和測量的血液流動，或作為標準的研究確定在熒光顯微鏡的分辨率和顯微鏡性能。