吸光度(Optical Density) -光通過化學或生物物質的測定的分光光度計或類似的裝置所吸收的量。 吸光度的單位是等于倒數透射率（透射光強度對入射光強度之比）的對數。 吸收帶通常覆蓋一個較寬波長范圍內（數十或數百個），并通常繪制成強，傳輸，或光密度與波長的關系。

聲光可調諧濾波器（AOTF） -其利用聲波來調制光通過激光或非相干照明源（主要是電弧放電燈）發出的光的波長或強度的過濾設備。 該過濾器由一個專門的晶體，諸如碲氧化物或石英，一個聲換能器和吸收器以誘導站在聲波具有高和低折射率交替的域夾著的。 如任一偏振光或非偏振光穿過過濾器，該晶體作為衍射光柵偏轉入射光束。 特定波長的光被通過改變輸送到晶體的聲波的頻率，從而改變衍射光柵的周期選定。

吖啶橙 -含吖啶核，其中結合DNA和RNA通過連續的堿基對之間插來產生一個**的，但很寬的發射帶在綠色到紅色的波長區域A氮雜環發色團。 吖啶橙是由藍綠色激光（488納米）或由耦合到電弧放電燈（汞或氙氣）的紫外線，紫色和藍色干涉濾光片激發。 熒光團是一個很好的候選，用于顯示許多蜂窩結構，但是因為寬的發射光譜不用于多探針染色是有用的。

Alexa Fluor染料 -合成熒光共軛染料，由Molecular Probes公司的商標，是用于標記抗體，核酸，并作為蛋白質一般有用的探針，細胞骨架分子，脂質，和一般的神經。 激發和發射光譜的Alexa Fluor染料跨越紫外區域和整個可見光光譜的更高波長的部分，甚至延伸到近紅外頻率。 在一般情況下，的Alexa Fluor染料是很**的高穩定性和抗光漂白。

衰減(Blocking)等級 -減少的可見光或紫外線光信號或抑制前的光學系統，例如在熒光顯微鏡中被檢測到。 衰減的程度，通常表示在特定波長或波長范圍的相對強度或*光密度的函數。 衰減，也被稱為調制的光強度或堵塞 ，可以完成與中性密度濾光片或聲光可調諧濾波器（AOFT）在共聚焦顯微鏡。

自體熒光(Primary Fluorescence) -背景熒光由于內源性代謝物和有機或無機存在于生物標本等材料熒光化合物的產生。 在某些情況下，自發熒光是足夠高的強度，以與來自熒光標記的分子的預期信號相混淆的。 自身熒光在生物細胞和組織的常見來源是黃素，黃素蛋白和核苷酸（FAD和FMN），B族維生素，還原吡啶核苷酸（NADH和NADPH），脂肪酸，細胞色素，卟啉，lipofuchsin顏料，色胺和兒茶酚胺。 自體熒光在植物細胞中的葉綠素（紅色熒光）和木質素（綠色熒光）主要派生。 一般情況下，自發熒光發射*大的時候活細胞檢查與藍色和紫外線激發波長。

自動熒光細胞圖像分析儀（AFIC） -再加上電腦顯微系統（反射光熒光顯微鏡，低光級相機和計算機），使染色標本的可靠，準確的檢測高速自動篩選熒光探針的應用的幾乎所有的細胞。 在臨床標本中的疾病標志物可以使用這種技術，通過使用連接到抗體或核酸特異和敏感的熒光染料進行監測。 目標熒光團的有選擇性的激勵產生的圖像具有高的信號噪聲比進一步增加檢測的靈敏度。

平均傳輸 -在過濾器的命名法，平均傳輸指的是光在一個特定的區域（可使用發送頻帶），而不是在整個頻譜上傳輸的平均水平。 在一個標準的帶通濾波器，平均透射區域橫跨全寬的傳輸頻帶的半*大值（FWHM）。 在長通和shortpass過濾器，該術語表示過去的切口上和截止波長的發射波長區域，分別為。

背景 -探測光（噪聲），是不是從一個熒光探針的發射信號的一部分。 背景噪聲來源包括激發和發射濾光片之間的串擾，從激發和發射濾光片文物針孔泄漏的光，在安裝介質中，非特異性熒光染色，數碼攝像系統電子噪聲，以及自發熒光熒光的出血。 理想情況下，在熒光顯微鏡的背景應該是漆黑*大化的標本對比度。

帶通濾波器 -雖然有衰減光的波長更短的兩個比通帶較長的傳輸定義的波長區域（或帶）的濾波器。 發送的頻帶的中心波長被稱為中心波長 （通常簡寫CWL）。 的有效帶寬是由全寬半高（FWHM）的傳輸，可以將可選地稱為半帶寬（HBW）表示。 帶通濾波器通常采用的激勵，少的時候，在熒光顯微鏡作為屏障過濾器。

屏障 (Emission)濾波器 -一種光學濾波器，通常設計成一個長通或具有定義良好的帶通區域，其中透射從樣本同時阻止殘余激勵光收集由物鏡的熒光發射波長。 屏障過濾器通常使用制作彩色玻璃或多個干涉腔，并匹配套，激發濾光片和二色鏡，以產生*佳的效果。（本文來源：奧林巴斯顯微鏡共聚焦顯微鏡的詞匯）

分束器 -用于分離光的入射波束成被隨后投射在不同方向上的兩個或多個組件的一個常見的光學裝置。 分束器，可在多種配置以滿足特殊要求。 三目觀察筒組件的光學顯微鏡利用棱鏡分光器來同時指揮成像光束的目鏡和一個傳統或數碼相機系統。偏振分束器是由一個晶體的雙折射材料，以產生線偏振光。 在熒光顯微鏡，雙色（通常稱為分色）鏡作為分光鏡反射激發波長回源，而發射波長更長的二次熒光發射到目鏡或探測器。

生物發光 -一個生化氧化過程，導致能量的釋放作為發射光。 螢火蟲發光，這需要酶的熒光素酶催化底物螢光素和分子氧之間的反應（以三磷酸腺苷的存在），是生物發光的一個常用例子。 這種現象發生在多種海洋生物和昆蟲。

放氣通過(Crossover)  -放氣通過時或不需要的波長是通過設計來阻止它們的光學濾光器發生交叉。 效果通常發生在一個過濾器的設計不允許波長不包括在帶通區域的完全相消干涉。 滲出通過也是一個問題，當入射光的角度是相對于所述過濾器表面的高度傾斜時，或者當熒光染料的激發和發射光譜重疊。

籠中的熒光基團 -一籠熒光通常是共價連接到隔離罩部分（通常是一個有機結構），但可以通過光的脈沖光解被釋放（ 解籠鎖 ）。 典型的熒光染料使用的是硝基芐基衍生物，其鎖定在熒光物質成非熒光的互變異構形式籠。 各種籠分子已被合成并用于實驗。

發色團 -天然存在的或合成的顏料具有特征的光吸收，通常含有交替的單鍵和雙鍵或環狀的芳族或雜環的共軛程度高的組合。 在光學顯微鏡，發色團經常提到古典染料，如曙紅，番紅或蘇木，用于組織染色的明場觀察。 因為他們表現出在紫外線，可見光和/或近紅外波段的強吸收光譜熒光探針也被歸類為發色團。

相干反斯托克斯拉曼散射（CARS）顯微鏡 -相干反斯托克斯拉曼散射顯微鏡的主要優點是，它使生物分子不添加合成的熒光標記物或內源耦合到熒光蛋白的調查。 相反，該技術是基于對目標分子的振動特性，并且不要求通過電子通過紫外線或可見光激發的物種。 在實踐中，快速（皮秒或更低）的激光脈沖在兩個來源的近紅外區域被聚焦到試樣用的顯微鏡物鏡和光柵掃描在橫向和軸向平面。 該脈沖由一個選定的分子的振動模式是分開的頻率，并生成一個新的光束，其具有的波長比入射光束更短，在目標焦點上。 二次波束生成目標物質的濃度分布，并使得試樣的三維圖像的結構。

相干光 -甲光束，該光束由各個波的振動同相位在同一平面上定義的，但也不一定。 為了維持長距離相同的相位關系，相干光波必須是單色的（具有相同的波長）。 例如，激光是高度相干的，幾乎單色的，并且通常為線性偏振。

冷鏡 -即工作在很寬的溫度范圍內，以反映整個可見光光譜，同時非常有效地傳送紅外線的波長一個專門的雙色干擾濾波器。類似于熱鏡，冷鏡可設計為入射角為零和45度之間的范圍內，并用多層介質膜的構造，并以類似于干涉濾光器的方式。 冷鏡可以作為兩色分束器與激光系統反射可見光的波長，而紅外線傳輸。

集電極鏡頭 -在寬視場熒光顯微鏡，聚光透鏡定位在弧放電燈，垂直照明燈之間。 現代lamphouses都配備了一個調節旋鈕，使聚光透鏡的翻譯聚焦燈放電等離子體球。 收集透鏡收集的光在很寬的區域，并指示光，以用于傳輸到被檢體的垂直照明的后部。 當在熒光顯微鏡被配置為適當的科勒照明，聚光透鏡，用于聚焦在冷凝器（目標）的前面開口的電弧等離子體的放大的實像。

有色玻璃過濾器 -含設計吸收特定波長的光，而自由地傳輸其他嵌入式膠體或溶解金屬玻璃過濾器。 在熒光顯微鏡，彩色玻璃濾光片曾一度廣泛使用的激發和屏障過濾器集和紫外光和紅外光作為有效的阻斷劑。

共聚焦激光掃描顯微鏡（CLSM） -在這種聚焦的激光束橫向掃描沿x和樣本的Y軸的光柵模式光學顯微鏡的一種流行方式。所發射的熒光（反射光信號）由一個光電倍增管檢測并在計算機顯示器上顯示的像素。 該像素的顯示尺寸是由電子設備的采樣率和光柵的尺寸決定。 所發射的遠離焦平面信號光子被設在一個平面上的共焦與試樣的針孔光圈擋。 這項技術使試樣進行光學沿z軸截面 。

復合視圖(Projection View) -通過添加一起沿著共聚焦或多光子熒光顯微鏡z軸獲取的多個光纖段中創建一個看似三維圖像（該技術也可以用微分干涉對比光學使用）。 在傳統的寬視場熒光顯微鏡，立體標本圖像常常模糊不清由于排放產生的遠離直接焦平面。 當用激光共聚焦顯微鏡采集的同一個圖像往往非常清晰。

相聲 -在描述*小衰減（阻塞）級以上的兩個過濾器放在一起串聯（背到后端）在指定的范圍標準過濾器命名的術語。 過濾器的串擾程度應該匹配的激勵和障礙（排放）過濾器熒光集時認真考慮。 二色鏡通常包括在熒光濾光器組合串擾評估。 串擾降低或消除有助于提供未從乘法染色標本，其光譜主要落在了濾波器組的帶寬熒光并發熒光發射圖像。

花菁染料 (Cyanine Fluorochromes) -含有一個集中的雜環苯并惡唑基團，菁染料熒光探針首先由Amersham公司，這是眾所周知的高耐光性，水溶性好，而且比較高效的量子產率的程度銷售。 花青染料找到許多應用中，作為蛋白質，核酸，和亞細胞組分的熒光標記物。 的熒光染料，可以微調在分子水平上，以產生具有寬的激發和發射波長光譜的衍生物，并且可以是在結構上的改變，以控制溶解性，非特異性相互作用（降低背景噪聲），以及靶的反應性。

去卷積熒光顯微鏡 -反卷積分析是應用算法以沿光（z）的所獲取的圖像的離焦堆棧軸線，以提高特定針對給定圖像平面上或在圖像堆棧多個焦平面光子信號的技術。 顯微鏡必須配備安裝于焦點齒輪組，以保證圖像采集在樣品焦平面之間的精確定義的時間間隔一個步進電機。 在典型應用中，反卷積分析被用于去模糊和從目的使用熒光激發和發射的特定焦平面除去失焦的光（盡管對于其他照明模式的技術中是有用的為好）。 *復雜的應用應用去卷積分析對整個圖像堆棧產生投影視圖或三維模型。

Descanning -允許光在共聚焦顯微鏡的樣品發射到由物鏡收集，并通過掃描鏡到二色鏡折回其路徑返回的過程。 當descanning機制是正確對齊，在探測器針孔的熒光圖像現貨維持平穩，不抖動。

雙色分光器(Dichroic Mirror)  -一個干擾過濾器/鏡組合在熒光顯微鏡過濾器常用的設置來產生傳輸和反射波長之間的清晰的過渡。當在相對于入射照明和發射光束以45度角傾斜時，二色鏡，通過一個90度角到標本反映短的激發波長和直通到目鏡和檢測器系統發送較長的發射的熒光波長的光。 制作與干涉薄膜為熒光顯微鏡二色鏡能反射90％以上的激發光的一個或多個同時發射約90％的發射帶的。 二色鏡通常是含有熒光濾光器的光學塊內三濾（激發，障礙，二色鏡）的中心元素。

停留時間 -在共聚焦顯微鏡，指的時間長度，該掃描激光束被允許保持在空間中的單元對應于圖像中的單個像素的術語。 典型地，停留時間介于0.1到1微秒或更長的時間，但設置的停留很長的時間增加了光漂白速率并降低活細胞的生存能力。

電子狀態 -在一個原子或分子，而這又決定了負電荷（電子）的分子中的分布以及分子結構的電子的整體結構。 任何給定的分子可以通過多種電子態（ 地面或多種興奮 ）中的一個存在，這取決于總電子能量和電子的自旋對稱的軌道。 在室溫下，大多數的分子中存在的電子狀態用*少的能量（基態）。 當分子吸收一個光子，電子被激發到更高的能態（激發態）。

發射光譜 -通過后，它的原子或分子（熒光染料）的發射波長的能帶（頻譜）被激勵而從另一個輻射源的光或能量的光子。后的熒光染料已發射的光子時，它返回到地面層次的能量狀態，并準備進行激發和發射的另一個周期。 通常情況下，熒光發射光譜，其被繪制為相對強度作為波長的函數，被定位在更長的波長的區域比刺激激發光譜（實際上，發射的平均波長長于激發的平均波長） 。 此外，熒光發射光譜的波長范圍和強度分布通常是獨立的激發波長。

落射照明(Reflected Light) -照明熒光的模式和反射光顯微鏡。 在一個反射或外延結構中，照明源（通常被稱為一個垂直照射器）被放置在試樣上的目標，這既是聚光和成像透鏡系統的雙重作用的同一側。 在熒光顯微鏡包含的策略性定位在光路內，從試樣中的方向的燈反射激發光并發射發射的熒光的目鏡或探測器系統中的二色鏡。

激勵 (Exciter) 過濾器 -從匹配濾波器組（或濾波器立方體）在熒光顯微鏡的光學列車的*個元素。 激發濾光片，隨著其在該組貿易伙伴，通常被裝在垂直（EPI）照明器和過濾器選擇的區域從寬帶光源（如汞或氙弧光放電燈），以產生波長的激動人心帶為熒光顯微鏡。 激發濾光片經常以使用干涉濾光器技術的選擇性帶通濾波器，但著色（染色）玻璃它們也可以構成。

激發光譜 -波長的光譜，通常范圍從紫外和可見光光譜，其能夠激發熒光（原子或分子），以表現出熒光。 通過掃描，通過熒光染料或熒光團的吸收光譜，同時監測在一個單一的（峰值）波長的發射所產生的激發光譜。 以類似的吸收光譜的方式，激勵是由于受激分子的振動和轉動弛豫（ 內部轉換 ）變寬。 吸收光譜和激發光譜是不同的，但往往重疊，有時候，他們幾乎沒有區別的程度。

濾波器斜率 -光學濾光器的斜率是在過濾器配置文件中的過渡區域阻塞和變速器之間的指示。 在一般情況下，過濾器的斜率是由在該過濾器具有一個指定的阻塞電平并改變該區域的速率的波長來定義。 兩個過濾器可以有相同的截止點或截止波長，但仍然有顯著不同阻隔水平和斜坡。 非常尖銳的斜坡發射波長的窄帶寬的截止或切上地區，而淺的山坡有大的帶寬。

熒光 -通過該過程的合適的原子或分子，這是瞬時由外部輻射的吸收在適當的能量水平（通常是紫外光或可見光）激發時，釋放所吸收的能量為具有更長的波長比吸收的能量的光子。 在熒光，電子提升到的激發軌道的配對（或相反的旋轉）相對于在基態軌道的第二電子單重態。 其結果，返回電子的基態是自旋允許的 ，并迅速與光子的伴隨發射發生。 熒光激發和發射過程通常發生在不到一納秒。

熒光各向異性 -一個術語，指熒光團的光致激發，由于吸收偶極矩與傳入的光子的電矢量的瞬時對齊。 類似于激發，由激發的熒光團的熒光發射發生在平行于發射偶極矩的平面取向。 過渡（偶極）矩為激發和發射具有已定義的取向相對于染料分子的分子軸，并且彼此以一定角度隔開。 在激發態壽命，熒光團的旋轉將其去極化發射相對于所述聲源矢量，從而產生了一種機制，用以測量包含熒光團的環境的剛性（粘度）。 熒光各向異性被定義為強度平行于激發光的偏振電矢量和垂直于所述載體的強度，通過總強度除以發射之間的差的比率。

熒光相關光譜（FCS） -用激光掃描共聚焦或多光子顯微鏡用為主，熒光相關光譜法是一種設計用來確定在只包含一個或幾個分子，產生對化學反應速率，擴散系數，分子量信息量分子動力學技術，流速，和聚集。 在FCS，小體積（約1 femtoliter）照射聚焦的激光束以記錄從占用量作為時間的函數的分子數或量子產率所產生的自發熒光強度的波動。 相對較小的熒光擴散迅速通過照射量產生強度短，隨機掃射。 與此相反，更大的復合物（熒光團結合到大分子）移動更慢，產生一個更長，更持久的時間依賴性熒光強度的圖案。

熒光壽命成像顯微術（FLIM） -一種復雜的技術，可同時記錄兩者的熒光壽命和熒光團的整個圖像中的每個位置的空間位置。 該方法提供了一種機制，調查環境參數，例如pH值，離子濃度，溶劑的極性，以及在單個活細胞中的氧張力，呈現的數據在時間和空間排列。 納秒激發態壽命的FLIM的測量是獨立的局部熒光濃度，漂白文物，路徑長度（試樣厚度），但要激發態反應，如共振能量轉移敏感。

熒光損失在漂白（FLIP） -在涉及到FRAP，熒光的活細胞內定義的區域的技術是通過激烈的照射光照受到反復漂白。 在一個測量時間段，這個動作將導致熒光信號的完全損失整個細胞，如果所有的熒光團能夠擴散到正被光漂白的區域。 通過計算在該熒光從整個細胞消失的速度，目標熒光團的擴散遷移率可以被確定。

熒光顯微鏡 -一個流行的臨床和研究的技術在光學顯微鏡，它依賴于熒光分子的激發與特定的波長區域，以產生由在較長的波長的二次發射的熒光所產生的圖像。 現代熒光顯微鏡配備有反射光照明，納入中性密度濾光片和干涉濾光片一個專門的組合來從所檢測到的熒光發射偏析入射照明光。

熒光和相襯顯微鏡組合 -傳統相襯光學上可配上熒光顯微鏡觀察熒光的空間分布在客廳和固定細胞和地圖的發射強度，以特定的結構和細胞器。 因為相位對比技術需要被修改的環狀孔（ 聚光鏡環形帶 ），并與空間濾波器（ 相板 ）定位在目標后側焦平面檢測透射光照明，viewfields必須被獨立地選自熒光，以捕獲獲得*佳的對比度。 然后將得到的圖像進行組合（疊加）在空間上映射的熒光強度，蜂窩體系結構的功能。 一些制造商提供低密度相位板，使活細胞的相襯和熒光的同時成像。

弗蘭克-康登原理 -執政的熒光現象，它是基于一個事實，即在電子躍遷（由垂直線的弗蘭克-康登或Jablonski簡圖表示）的分子核是靜止的一個基本概念。 電子躍遷從基態到較高能級激發態發生在這么短的時間內（以毫微微秒為單位）的核沒有足夠的時間來產生振動。 作為結果，只有電子躍遷從基態到可能發生的興奮是那些其中在基態和激發態的電子位置的概率*大重疊。

完整的半值寬度（FWHM） -發射波長的由玻璃或干涉濾光器的帶通區域由半*大值（簡稱FWHM）稱為全寬的參數描述。切口上，并切斷邊界被定義為下部和上部的波長通過的濾波器產生*大透射率的50％，并且中心波長（CWL）是在帶通區域的波長的算術平均值。 例如在40的FWHM表示發送帶寬跨越40納米，并且可以在紫外線，可見光或紅外線區域的任意位置具有一個CWL。 的半峰全寬也存在于許多課本稱為半帶寬（HBW）。

綠色熒光蛋白（GFP） -來自水母Aequorea victoria的 ，也就是通常用來確定在活細胞和組織的位置，濃度，相互作用和靶蛋白的動態衍生的天然存在的蛋白質熒光探針。 增強型綠色熒光蛋白（一種遺傳衍生物）的激發光譜和發射光譜具有*大值在489納米和508納米，分別。 在為了將綠色熒光蛋白（或任何其遺傳衍生物）導入細胞，該基因的DNA序列被連接到編碼目的蛋白質的DNA。 經過培養的細胞已轉染了修飾的DNA，它們能夠表達嵌合熒光蛋白的觀察用顯微鏡。

固有生命 -定義為激發態在沒有了競爭激發態電子的任何失活過程的生命周期中，內在的壽命是衡量的速率常數熒光衰變的倒數。 在實踐中，熒光團的測定壽命的固有熒光壽命和非熒光過程（淬火，非輻射松弛，等等）導致的激發態弛豫的組合。測得的壽命總是小于固有壽命，是量子產率的一個指標。

等吸光點 -當熒光染料的經歷在平衡的化學或物理反應的激發或發射光譜被記錄為每個種類的濃度的函數的等吸光點通常被觀察到。 發射與波長（或頻率）這樣的混合物的曲線往往會相交于一個或多個點（波長），稱為等吸收點。 的效果，也可能出現在光譜中的一組的兩個或更多個不相關的，具有相同的總濃度無相互作用的熒光染料。 在一個單一的化學物質，在等吸收點將會出現在其中的摩爾消光系數是相等的所有波長。 作為一個例子，熒光染料Fura-2的激發光譜顯示一個等吸收點在362納米時的稀溶液進行滴定，用鈣。

雅布隆斯基圖 -由基態和激發態電子在熒光分子占據能級的圖形化描述。 單線態和三線態激發態通常是單獨示出，但彼此相鄰。 該Jablonski簡圖識別電子態和振動能級的相對能量位置為一系列的水平線。國家之間的電子躍遷是由直線的垂直線（激發和發射）表示，而內部轉換，振動弛豫，淬火現象是由波浪垂直線表示。單重態和三重態之間的系間竄越被斜直線或波浪線所示。

液晶可調諧濾波器（LCTF） -一個電子控制裝置，使光成像質量的過濾，同時提供一個清晰的光圈光學顯微鏡。這些過濾器通過一系列所構成的雙折射材料層成對的液晶層和兩個線性偏振片之間夾著波片的操作。液晶層的雙折射是微調，通過改變施加到相鄰的層的透明導電涂層上的電壓。進入過濾偏振光的波片，其被衰減，并轉換成幅值變化由分析器（第二偏振片）經歷了一個波長相關的旋轉。LCTFs旨在通過改變液晶的雙折射性質和采用多個波片串聯來控制濾波參數。

長通（LP）濾波器 -即衰減較短的波長和發送的光學干涉或有色玻璃過濾器（合格）在目標光譜（紫外線，可見光或紅外線）的活性范圍更長的波長。長波通濾波器，其可以具有非常尖銳的斜率（以下稱為邊緣過濾器），是由截止波長在峰值傳輸的50％說明。在熒光顯微鏡下，長通濾波器是經常使用的二色鏡和屏障（排放）濾波器。使用舊術語的高通來形容長通濾波器現已氣餒，因為它更準確地指的是頻率，而不是波長。

發光 -光從發生從電子激發態產生的或者由一個物理的（光吸收）的任何物質（通常是一個分子或原子）的排放，機械或化學的機理。發光正式分為兩大類，熒光和磷光，這取決于該激發態和發射通路中的電子配置。發光的產生可通過紫外光或可見光光子（發生過激勵的光致發光），一個電子束（陰極射線），施加熱（熱釋），化學能（化學發光），生物化學酶驅動的反應（生物發光），或通過能量從一個機械作用（摩擦發光），如摩擦。

微通道板 -一盤，包括毛細管的壓縮數組，用金屬墻，這是專為第二代放大光電子信號（及更高代）圖像增強器。從增強靶光電子被加速到板，并進行多次碰撞和電子的擴增事件與所述管壁，從而產生一個大的電子級聯和原始光子信號的放大。微通道板是在熒光顯微鏡檢測到非常微弱的發射信號非常有用。

全內反射熒光顯微鏡（TIRFM） -一個旨在探測熒光標記活細胞的表面與光束不同折射率的兩種介質之間旅行所產生的倏逝波技術。在實踐中，入射激光束被以臨界角（全內反射）反射時，遇到一個顯微鏡載玻片和含有細胞的水性介質之間的界面時。內表面的幾個納米的熒光團是由倏逝波激發，而距離越遠則不受影響。該技術通常被用來研究分子的相互作用表面的地區，這個地區是具有根本的重要性，以廣泛的細胞和分子生物學學科的頻譜。

發送的波前畸變（TWD） -失真引入到一個平面波陣面時，通過光學元件透射的程度。傳輸波前畸變是衡量一個波長（通常為550或630納米）的分數或倍數。所發射的波陣面的畸變因表面平坦性的變化沿所述光學元件的外表面，以及從內部不連續性和折射率的不均勻性。

三重態 -對于任何多電子系統（在原子和分子），當電子自旋是不成對的電子結構被稱為三重態。另外，對于其他的量子數的值相等，更高多重的狀態是低能量的狀態。因此，激發三重態能量具有比相應的單重態下。自旋量子數（S的原子或分子）是該系統中的電子自旋的總和的*值。這樣一個系統的多重性被定義為量2S +1，并與平行（未配對）旋轉的三重態的雙電子系統，自旋量子數為1和多重性為3。

兩個光子（多光子）顯微 -激光掃描共聚焦顯微鏡，其中熒光染料的激發是基于紅外或長波長可見光激光束，其能量密度的衍生物技術被調整為允許倍頻或在光束聚焦點在試樣三倍。在試樣中的熒光團由兩個或三個光子同時激發而產生的激發態轉換的相當于單光子熒光。例如，二，三光子激發，在900毫微米相當于勵磁由450分別高能量光子和300納米。多光子顯微鏡能夠深深滲透到厚的組織和省去了一個針孔孔徑因為熒光發射被限制在一個單一的焦平面上。

體繪制 -用算法來創建三維圖像從任意角度的計算機可視化，無需任何中間設置為代表的表面幾何數據轉換的技術。在激光掃描共聚焦顯微鏡，體繪制通常是從熒光標本采集制作在三維空間中樣本的半現實的模型光學部分棧進行。

楔（平行度） -在弧分或從平行平板光學元件（通常是一個過濾器或窗口）的外表面之間的變化的弧秒的測量。顯著楔角可以引入一個角偏差對波前穿過元件，從而導致圖像的變化和準誤差時，光纖位于所述成像路徑。對于一個典型的過濾器元件或窗口，角度偏差的程度是大約二分之一的楔角。在內部鍍膜的表面楔工件可以產生重影圖像作為離軸內反射的結果。

縮放 -在激光掃描共聚焦顯微鏡，將變焦倍率控制允許在不同掃描在試樣上的光柵面積相當程度的靈活性，因此提供了在橫向像素大小的連續控制（x - Y）試件平面。變焦控制有助于通過使顯微鏡的操作一致性，每股*小可分辨光學成像點兩個以上像素的奈奎斯特/香農采樣標準優化的圖像信息內容。變焦控制通過調節檢流計的電流水平調節掃描鏡偏轉的程度